La AFIJ nace gracias a la inquietud y el deseo de un grupo de Fisioterapeutas preocupados por fomentar el desarrollo de la profesión e interesados en la creación de espacios de convocatoria, investigación y estudio en Jalisco, que permitan actualizar, compartir, promover  y adquirir habilidades y conocimiento de forma continua y especializado con el fin de ofrecer el mejor servicio a la comunidad y comprometer al gremio con la necesidad de una continua formación profesional.
Desde su creación en Noviembre del 2005, la AFIJ celebra una sesión científica mensual donde se exponen temas de interés profesional. La AFIJ organiza también las Jornadas de Actualización Académica que se llevan a cabo cada año presentando exposiciones y talleres de temática especializada como lo fue en Drenaje Linfático Manual en el 2006, Actualizaciones en Terapia Manual en el 2007, Ejercicios de estabilización lumbo pélvica y Método McKenzie en el 2008 y  Actualizaciones en Concepto Bobath y Facilitación Neuromuscular Propioceptiva  en el 2009.
En el 2010, las Jornadas de Actualización Académica dieron lugar a la organización del VI Congreso Nacional de Fisioterapia con una asistencia de 900 fisioterapeutas de todo el país y al 1er Encuentro de Fisioterapeutas Docentes.
En el 2006, la AFIJ avaló el Diplomado en Drenaje Linfático Manual cuya sede fue el Instituto Jalisciense de Cancerología y reconocido por la Universidad de Guadalajara.
La AFIJ cuenta con la representación oficial de la Asociación Mexicana de Fisioterapia (AFIJ) en el estado de Jalisco, organización que a su vez cuenta con el apoyo y reconocimiento de: la World Confederation for Physical Therapy (WCPT) y la Confederación Latinoamericana de Fisioterapia y Kinesiología (CLAFK).